Le reportage début au Parc National de Taï en Côte d’Ivoire. C’est là l’une des dernières forêts primaires du Golfe de Guinée avec une riche population animale, notamment de chimpanzés. Un cadavre de céphalophe a été découvert dans leur territoire. Il faut faire vite. Des chercheurs arrivent 2 heures après l’alerte et ne détectent pas de traces extérieures sur le cadavre d’où des prélèvements de plusieurs organes. Ensuite il s’agit de rayonner autour du cadavre pour recueillir des mouches. Trois pathogènes sont suspects à ce stade : anthrax, Ebola ou la variole du singe. La surveillance s’étend aux chauves-souris et aux rongeurs qui sont des « espèces réservoirs » (qui ont su faire compromis entre le virus et leurs défenses immunitaires).

La suite du propos offre un détour vers New-York mais avec un retour en 1999 : une épizootie massive avait décimé les corbeaux, le virus du West Nile transmis par les moustiques qui étaient peut-être arrivés par avions. Le moustique n’est pas un réservoir mais un vecteur et déplace donc le virus. En Afrique, les espèces animales se sont habituées à ce virus, il est devenu enzootique et émerge périodiquement sans conséquences majeures. Aux Etats-Unis, c’était une première d’où la grosse hécatombe, animale puis humaine de New-York jusqu’à l’ensemble du continent américain.

Le temps tourne toujours en Côte d’Ivoire. 5 heures après la découverte du cadavre, des chauves-souris sont attrapées et analysées ainsi que des rats. 17 heures après, c’est la collecte d’excréments des chimpanzés. On apprend de ceux-ci que les primates savent se soigner d’eux-mêmes avec certaines feuilles. L’automédication a fait émerger la zoopharmacognosie.

Au Laos, les éléphants se soignent également. L’un d’eux avait une plaie purulente soignée aux antibiotiques et aux anti-inflammatoires mais il dépérissait depuis un an et demi. Relâché en pleine jungle, il s’est soigné en un mois grâce à de l’écorce d’arbre.

Les animaux font même de la médecine préventive. Les abeilles construisent leur ruche avec des matériaux antimicrobiens (propolis), les mésanges utilisent de la menthe ou de la lavande qui sont antiseptiques pour le nid. Il y a aussi de l’auto-isolement quand une espèce se sent malade (grenouille ou langouste qui se sacrifie pour pérenniser le groupe). Les singes se séparent en sous-groupes, se touchent moins. Les fourmis, à la société extrêmement organisée mais très concentrée peuvent interroger sur leurs capacités à ne pas se contaminer en cas de virus. Elles sont étudiées (collage d’un code barre sur le dos) pour voir leurs interactions et leurs déplacements. On voit qu’il y a spontanément une distanciation selon les tâches allouées. La mise en quarantaine est naturelle.

En Côte d’Ivoire, 24 h après le cadavre, le résultat finit par tomber : ce n’est pas Ebola mais l’anthrax. La bactérie est ingérée mais retourne dans le sol une fois l’animal mort et décomposé. Mais est-ce un nouveau variant ou alors une version connue ? Car si les pathogènes mutent en permanence, les systèmes immunitaires aussi.

Au Danemark, dans le détroit de Kattegat, l’évolution des populations de phoques inquiète car les épizooties sont de plus en plus violentes. Le virus était nouveau et après séquençage, il s’avère qu’il s’agit de la maladie de Carré. Il s’agit d’une migration du virus via des phoques du Groenland qui cherchaient de la nourriture plus au sud. Porteurs sains au départ, ils sont devenus des vecteurs arrivés à Kattegat. L’immunité collective de la population de phoques de Kattegat a été lentement atteinte mais ceux-ci n’ont plus d’anticorps, ce qui demeure inquiétant si une nouvelle épidémie survient.

Le cumul sur plusieurs décennies des virus permet de générer des arbres phylogénétiques. Une branche isolée de l’arbre correspond à un nouveau variant.

Un cas de résilience extrême a été observée en Mongolie chez l’antilope Saïga, le deuxième animal le plus rapide au monde. Une grosse atteinte au groupe a été observée en 2017 sans doute via les animaux d’élevage. Pourtant, une hausse de 3500 à 10000 a été recensée 4 ans après cet évènement. Des naissances très abondantes de jumeaux ont été relevées mais surtout une arrivée de la maturité sexuelle plus précoce et des gestations plus longues pour donner naissance à des petits plus résistants. Cela a été observé également chez des cerfs et des renards roux.

Un très intéressant reportage convoquant la biologie et les sciences vétérinaires mais dont les géographes pourront s’emparer efficacement pour travailler les phénomènes de clusters et de diffusion.

https://www.arte.tv/fr/videos/106662-000-A/epidemies-sauvages-les-animaux-face-a-la-contamination/